Địa chất khu vực Phú Yên, Khánh Hòa tương đối phức tạp, kết cấu không phải đá cứng mà là đất rời rạc. Hầm đường sắt Chí Thạnh có tuyến đường bộ chạy trên đỉnh hầm đang khai thác, lưu lượng phương tiện cao. Những ngày gần đây, khu vực hầm đường sắt Chí Thạnh có mưa nên toàn bộ đặc tính cơ lý của đất bị giảm, dẫn đến sự cố sạt lở đất đá.xp88